2012年9月24日，《PloS ONE》杂志正式发表了我室在读硕士研究生李静与中科院有机所瞿旭东博士为并列第一作者的研究论文“ThioFinder: A Web-Based Tool for the Identification of Thiopeptide Gene Clusters in DNA Sequences”。这是我室与中科院有机所刘文老师课题组在硫肽类抗生素研究上密切合作取得的进展。
       硫肽 (Thiopeptides)是一类被高度修饰的、富含硫的环肽类化合物，对革兰氏阳性病原菌有很强抑制作用。近期还发现其对人癌细胞的增殖有明显抑制作用。其成员都具有一个以六元杂环为核心、由多个五元杂环和脱水氨基酸组成的典型环肽结构。随着DNA测序成本和时间的剧减，一千多个微生物全基因组序列已被测序，急需高性能服务器来快速挖掘这些微生物资源的代谢潜力。而我室最近成功开发的产硫肽微生物挖掘服务器，正是针对深度挖掘微生物资源重大需求的一个有效尝试。开放知识库ThioBase收录了目前已知99个硫肽化合物的化学结构、生物活性、产生菌和合成基因簇等重要数据。在线工具ThioFinder则采用隐马尔科夫模型来表征已知硫肽合成关键酶的序列保守性，在高性能四路服务器上实现了新硫肽基因簇的准确和快速识别。这一服务器的建立和对外开放将有助于实现产硫肽微生物资源挖掘和代谢潜力释放的深度互动，进而应用组合生物合成方法开发出新的临床抗菌素。